Apesar da sua indiscutível utilidade e importância, o Tribunal Militar de Nuremberg foi alvo de inúmeras críticas, tais como: violação ao princípio da reserva legal e da anterioridade; impossibilidade do reconhecimento da responsabilidade penal dos entes coletivos; impossibilidade de atuação do direito penal internacional contra os indivíduos e a questão da obediência hierárquica. Nesse contexto o juiz Biddle fez o seguinte comentário: "os indivíduos têm deveres internacionais a cumprir, acima dos deveres nacionais que um Estado particular possa impor". A comunidade mundial tem valores cogentes superiores à outros que um Estado possa expressar individualmente.
Porém, o maior pecado técnico do Tribunal foi a falta de legitimação. Criado por nações vitoriosas na intenção de julgar o perdedor, desconsiderando, inclusive, crimes de mesma natureza praticados pelos aliados
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